Regia e coordinamento del progetto sono affidate al Tavolo di coordinamento, che definisce le linee di azione attraverso un piano di lavoro annuale, coerente con le risorse disponibili, e attua il monitoraggio delle azioni condotte. Il tavolo, a cui partecipano le rappresentanze di tutti i soggetti firmatari, si riunisce almeno semestralmente e può essere convocato su richiesta di almeno uno dei soggetti sottoscrittori. Annualmente vengono presentati pubblicamente i risultati progettuali raggiunti.
A supporto del Tavolo di coordinamento, è costituito un Tavolo tecnico composto da referenti tecnici dei soggetti firmatari, strumento attraverso cui viene attuato il piano di lavoro annuale. Città metropolitana e Comune di Bologna ne hanno il coordinamento tramite l'Ufficio comune per lo sviluppo economico.